Le 3 janvier U.C. 0079, la Principauté de Zeon déclare la guerre à la Fédération de la Terre et massacre le gouvernement anti-Zeon de Side 2 "Hatte". Dans le même temps, une force d'assaut mobile dirigée par Kycila capture les villes lunaires de Grenade et Von Braun. Le 16 janvier, la colonie se sépare en trois composantes lors de l'entrée atmosphérique et détruit le sud-est de l'Australie, le sud-ouest du Canada et la majeure partie de l'Asie de l'Est, entraînant la disparition de la moitié de la population mondiale.

Après le succès de la rébellion de l'aube, Degwin négocie avec le vice-amiral Revil pour le retrait complet des forces de la Fédération du côté 3 afin d'empêcher que de tels incidents ne se reproduisent. Dans la ville terre de Manaus, Char atterrit un travail en tant que pilote de travailleur mobile à Jaburo. Pendant son séjour, il rencontre une jeune Lalah Sune et la sauve des hommes qui l'avaient vendue. Pendant ce temps, Tem Rey apprend l'avancement du Projet MS de Zeon et de la défection soudaine du Professeur Minovsky à la Fédération. Cependant, alors qu'il se rendait à Von Braun, Minovsky est tué au cours d'une bataille entre l'escadron de poursuite mobile de Ramba Ral et les nouvelles unités RCX-76 Guncannon de la Fédération, mais inefficaces. Suite à l'incident, Tem présente son projet RX-78 à Anaheim Electronics comme une solution plus efficace aux combinaisons mobiles de Zeon.

Alors que son quartier général essuie des bombardements réguliers, la Fédération Terrienne orchestre une vaste contre-offensive en vue de capturer Odessa, siège des forces d'invasion du Duché de Zeon. Dans un ultime répit avant cette opération, Amuro et l'équipage du White Base font route vers Belfast, aux fins de ravitaillement. Mais en chemin, ils sont chargés d'une mission capitale : éliminer les troupes ennemies cachées sur une minuscule île déserte. Parti en quête de ces agents dormants, Amuro y fait cependant une trouvaille inattendue : une poignée d'enfants et un Zaku. Privé de son Gundam, il y rencontre un homme, le mystérieux Cucuruz Doan. Quels secrets Amuro va-t-il découvrir sur cette île, et surtout... parviendra-t-il à en réchapper ?